电子圆二色谱(ECD)模拟计算是一种利用量子化学理论和计算机技术对化合物的电子圆二色性进行理论预测的方法。这种方法在化学、生物化学和药物化学等领域中具有重要的应用价值,特别是在确定手性化合物的绝对构型方面。以下是电子圆二色谱模拟计算的主要步骤和要点:
一、确定化合物的相对构型
在进行ECD模拟计算之前,首先需要确定化合物的相对构型。这通常基于化合物的化学结构、已有的实验数据或理论预测。
二、构象搜索与优化
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构象搜索:利用构象搜索软件或方法,对化合物进行构象分析,以找到多个可能的最低能量态构象。这些构象代表了化合物在溶液中可能存在的稳定状态。
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几何优化:对搜索得到的构象进行几何优化,以调整原子的位置和键长键角,使构象的能量达到最低。这一步骤通常使用密度泛函理论(DFT)等量子化学方法进行。
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振动分析:对优化后的构象进行振动分析,以确认其是否为真正的能量极小点,并计算其振动频率和零点能等参数。
三、ECD计算
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选择计算方法:常用的ECD计算方法包括含时密度泛函理论(TDDFT)等。这些方法能够计算化合物的电子激发态性质和ECD相关参数。
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计算ECD参数:对优化后的构象进行TDDFT计算,得到电子激发能(eV)、转子强度(10^-40 erg-esu-cm)等ECD相关参数。这些参数是后续谱图拟合和构象平均的基础。
四、谱图拟合与构象平均
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多构象谱图拟合:根据计算得到的ECD参数,使用高斯展宽函数等方法对各个构象的ECD谱图进行拟合。这可以得到每个构象的ECD谱图。
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构象平均:由于化合物在溶液中可能以多种构象存在,因此需要将各个构象的ECD谱图按照其分布概率进行加权平均。这通常基于玻尔兹曼分布原理进行计算。
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