被催了亿次的组分间的氢键统计脚本！数量、键长、键角随时间变化、PDF都包含，手把手教你怎么用！

2023年11月30日下午5:07 • 计算 • 阅读 20

在MS计算中，氢键分析绝对称得上是各大领域的顶流，在对玻璃、金属氧化物、矿物表面、石墨烯、磷脂双层等体系的润湿性、疏水性、摩擦系数的研究都有其用武之地。

不久之前，杨老师写过一个氢键统计①号脚本，受到了学员们的广泛应用，它大大减少了我们在分子动力学计算中的重复性工作。毕竟，分子动力学轨迹动辄就是10000帧，每一帧都包含10-1000根氢键。

然而，在学员们的实际应用中，杨老师也发现，如果只统计所有分子间信息的话，就失去了细节。视频评论区有很多小虎斑反馈，更想分析片段和片段、组分和组分间的氢键结合信息。

对此，杨老师只想说，你们尽管照搬，2.0版本的氢键脚本马上安排，还完全免费！

所以氢键脚本②号已经新鲜出炉了，功能更加强大（见下方），来满足大家进一步的需求！

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氢键②号脚本：

不但能给出氢键的数量，还能给出其随时间的变化！
不但能统计所有氢键的键长、键角，还能给出它们在每一个长度区间、角度区间的分布，直接画出图来，做进一步的分析！
不但能通过受主元素（如O、N、F）对氢键进行分类讨论，而且能区分片段内部（intra-set）与片段间(inter-sets)的氢键，还可以处理多个片段、组分的结构！

本期特训内容包括：

✅ 氢键判据（长度、角度）与润湿性

✅ 气固、固液界面、液体、聚合物、煤分子建模与分子动力学模拟

✅ 上述体系的氢键数量随时间的演化

✅ 上述体系的各组分间的氢键平均长度随时间的演化

–————————-二、三区分割线—————————-

✅ 组分间氢键长度、角度的Probability Distribution Function

✅ PMF (Potential of Mean Force)与Free energy landscape与PDF的联系

主办单位：深圳华算科技有限公司

课程形式：12月5日直播、完全免费、提供回放！

课程目标：MS脚本实现各类组分间的氢键数量、长度、角度随时间演化与PDF分布统计！

上课方式：添加下方助教微信，入群听课！获取直播链接、往期视频、课件、答疑等！

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课程图片

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固液界面分子动力学

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聚合物-水界面

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磷脂双层

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氢键键长、键角定义

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氢键数量随MD时间的演化

氢键PDF、寿命

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键长、键角Probability Distribution Function

氢键PDF、PMF与自由能

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自由能与氢键键长、键角的联合分布

MS脚本特训营课程内容

MS特训营，共讲解21款脚本，15小时课程！

纯干货，快上车！🚀🚀🚀

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