【计算深度解读】ASS:DFT研究吸附构型、吸附能和电子性质,探索矿物溶解机制

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橄榄石型矿物是可用于大量二氧化碳封存的矿物,因为它广泛地分布在世界各地。然而,矿物溶解速率是限制其二氧化碳封存过程的关键因素。

近日,通过将第一性原理计算与扫描电子显微镜(SEM)相结合,南京工业大学王倩倩等人研究了促进Mg2SiO4矿物溶解机制的不同类型的有机酸,包括吸附构型、吸附能和电子性质。

模型与计算方法

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图1. 具有标记原子的镁橄榄石的总态密度和部分态密度(PDOS)以及优化的体结构

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图2.(a)Mg2SiO4(0 1 0)表面模型的原子排列(b)沿表面垂直方向的静电势分布

如图1所示,Mg2SiO4的带隙为4.996 eV,而(0 1 0)表面是自然界中橄榄石矿物最主要的晶体表面,也是最稳定的表面。

对于有机酸分子吸附计算,作者构建了在周期性方向上10 × 10 Å的平板模型,并设置了20 Å的真空层,具体如图2(a)所示。在弛豫过程中,板中的上下两层Mg-SiO4被固定。如图2(b)所示,通过静电势分布预测所建表面模型的合理性。

弛豫后,真空层上下表面的静电势在中间位置达到真空水平,表明真空层具有有足够的厚度,从而实现上表面和下表面之间的相互作用可以忽略不计。

计算过程由两个过程完成。首先,基于蒙特卡洛模拟退火方法,运用Materials Studio中的吸附定位器,以搜索表面吸附物(有机酸分子,即乙酸、草酸和柠檬酸)的能量最小化吸附构型。

然后,使用第一性原理计算方法研究了表面与不同类型有机酸分子之间的相互作用,且运用Materials Studio(Accelrys software Inc)软件中的DMol3模块进行密度泛函理论(DFT)计算。

在预测过程中,可以用不同的能量获得不同有机酸分子(乙酸、草酸和柠檬酸)在Mg2SiO4(0 1 0)表面上的吸附位置和构型。选择表面模型的顶部Mg原子和硅酸盐基团作为目标原子,最大吸附距离为10 Å. 应用COMPASS II力场。Ewald方法用于静电相互作用,范德华相互作用截止半径设置为15.5 Å.

对于DMol3模块中的参数设置,运用广义梯度近似(GGA)中的Perdew Burke Ernzerhof sol(PBEsol)泛函来处理交换关联相互作用,并采用TS方法的(DFT-D)色散校正。

此外,作者采用全电子计算,以及采用双数值加极化(DNP)基组求解自洽场方程。对于第一布里渊区,作者使用Monkhorst Pack方法来构建k点网格。自洽迭代收敛标准和能量收敛标准分别设置为1.0 × 10−6 Hartree和1.0 ×  10−5 Hartree。最大应力设定为低于2.0 × 10−3 HartreeÅ−1

结果与讨论
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图3. 吸附定位器模块预测的(a)乙酸(b)草酸(c)柠檬酸吸附能势能面
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图4.(a,a′)乙酸、(b,b′)草酸、(c,c′)柠檬酸和(d,d′)Mg2SiO4(0 1 0)的HOMO和LUMO的体积分布。
如图3所示,根据吸附定位器模块预测的吸附能势能面,作者可以发现柠檬酸的吸附位点最多。基于前沿分子轨道理论,当一个分子的HOMO和另一个分子LUMO之间存在最大重叠时,更可能发生化学反应。
乙酸分子和草酸分子的HOMO主要分布在羧基的羰基O(Ocar)上,而柠檬酸分子最广泛地分布在羧基和羟基上(图4(a)、(b)和(c))。乙酸分子和草酸分子的LUMO主要分布在羧基的C原子上,而柠檬酸分子分布在端基的一个羧基上(图4(a’)、(b’)和(C’))。
在图4(d)和(d’)中Mg2SiO4(0 1 0)表面上,LUMO主要分布在表面上的Mg原子周围,而HOMO则分布在表面二氧化硅四面体中的O原子周围。
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图5.(a)和(b)、(c)和(d)、(e)和(f)分别为乙酸分子、草酸分子和柠檬酸分子在Mg2SiO4(010)表面上吸附的两种吸附构型。
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图6. 有机酸分子吸附后,顶部表面Mg原子在z方向上的位移
从图5中的吸附构型来看,乙酸分子分别是垂直的和侧向的;草酸分子均位于表面;柠檬酸分子分别为“Y”型和“T”型。有机酸分子羧基中的H-O键在一定程度上被拉伸,A1构型除外(图5中用矩形标记),这是因为A1的吸附能的绝对值最小。
A2、O2和C1的Ocar和Ooxh与表面上的Mg原子相互作用使它们具有更负的吸附能。有机酸分子吸附后顶部表面上镁原子的位移如图6所示,当镁原子与有机酸分子相互作用时,它们明显向外移动。
此外,由于有机酸分子在表面上的吸附能较低,镁原子的位移会较大。在所有吸附构型中,柠檬酸分子具有最多的羧基,并且C1吸附构型具有所有研究构型中与表面相互作用的最多原子。
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图7.(a)A1(b)A2(c)O1(d)O2(e)C1(f)C2吸附构型的差分电荷密度
如图7所示,可以观察到在有机酸分子吸附后,表面吸附位点周围的差分电荷密度明显极化。Ocar、Ooxh和Os周围的差分电荷密度几乎是黄色的,而Hoxh的情况是蓝色的。
如果有机酸分子羧基中的H-Ooxh键被拉伸到一定程度,则此处的差分电荷密度将被极化(图7中用矩形标记)。同时,Ocar会与表面Mg离子发生电荷密度转移,从而形成一定的化学键。
重要的是,Ocar在破坏羧基中的H-O键以释放H+方面起着重要作用,这对矿物溶解反应很重要。
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图8. 有机酸分子与Mg(OH)2基团之间的络合反应路径(a)乙酸(b)草酸(c)柠檬酸(M:Mg(OH)2基团,A:乙酸,O:草酸,C:柠檬酸;实线表示自发反应路径,虚线表示非自发反应路径;红字是基本反应的吉布斯自由能,单位为kJ/mol)

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图9. 有机酸分子与Si(OH)4基团之间的络合反应路径(a)乙酸(b)草酸(c)柠檬酸(S:Si(OH)3基团,A:乙酸,O:草酸,C:柠檬酸;实线表示自发反应路径,而虚线表示非自发反应路径;红字是基本反应的吉布斯自由能,单位为kJ/mol)
如图8和图9所示,作者分别考虑了有机酸分子与Mg(OH)2/Si(OH)4之间的不同化学反应路径以及不同类型的配合物。
ΔG值分析表明,Mg2SiO4(0 1 0)表面的有机酸促进溶解机制主要是由于Mg离子与有机酸分子之间的络合作用。具有羟基和羧基的有机酸分子可以容易地与Mg2+反应,形成水溶性金属-有机络合物。
此外,柠檬酸与橄榄石表面之间存在更多的反应路径,并且它们具有更多的负ΔG。柠檬酸具有最多的羧基羟基,表明其是提高矿物溶解速率的最佳选择。
结论与展望
作者通过热力学计算研究了有机酸分子与Mg(OH)2或Si(OH)4基团之间络合路径。
结果表明,有机酸分子通过电荷转移和轨道杂化吸附到橄榄石表面后,橄榄石表面的阳离子更倾向于与羧基羰基O成键。羧基中的H-O键将被破坏使矿物表面羟基化。更多的羧基将有利于矿物溶解,出现更多的蚀坑。
通过热力学计算,由电离有机酸分子和Mg2+形成的多种类型的配合物以不同的反应路径和吉布斯自由能共存。
该工作首次预测了溶解阳离子与羧酸根羰基O之间的强烈相互作用,有助于寻找合理的添加剂以改善矿物溶解动力学过程。
文献信息
Sun C, Yao Z, Wang Q, et al. Theoretical study on the organic acid promoted dissolution mechanism of forsterite mineral[J]. Applied Surface Science, 2022: 156063.

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